La période d'incubation après l'infection initiale par l'herpès génital est comprise entre 2 et 12 jours. Par la suite, des symptômes bénins tels que la fièvre, le gonflement des ganglions lymphatiques, des maux de tête et des douleurs musculaires ainsi qu'une sensation de brûlure sur les parties génitales, l'anus ou lors de la miction peuvent apparaître. Dans la zone génitale, de petites cloques de couleur claire se développent sur une zone de peau rougie. Celles-ci sont souvent rapprochées en petits groupes (herpétiformes) et guérissent après environ deux à trois semaines. L'infection peut être totalement exempte de symptômes chez certaines personnes.
Si une infection par les virus de l'herpès simplex survient chez les nouveau-nés (par exemple, pendant la naissance), elle peut entraîner une maladie potentiellement mortelle avec une forte fièvre et l'apparition de cloques sur tout le corps.
Étant donné qu'une infection entraîne presque toujours la persistance du virus (les agents pathogènes restent dormants à vie dans certaines retraites de l'organisme et ne peuvent être complètement éliminés par le système immunitaire), le virus peut être réactivé à tout moment et déclencher à nouveau l'herpès génital. Les premiers signes en sont des sensations désagréables de picotements ou de piqûres dans la zone génitale. En quelques heures ou quelques jours, de petites cloques peuvent réapparaître sur la peau, qui, dans les cas graves, peuvent s'étendre des organes génitaux aux cuisses et aux fesses.
Les rapports sexuels oraux peuvent également provoquer les symptômes décrits ci-dessus dans la bouche et la gorge. Lors de la pratique du sexe anal, une infection de l'anus est possible, ce qui peut entraîner des écoulements sanglants et des douleurs au niveau de l'anus.
En outre, il est possible que la réactivation des virus de l'herpès simplex se produise sans aucun symptôme. Il est important de savoir que même pendant cette période apparemment sans symptômes, des particules virales sont excrétées par les muqueuses et peuvent infecter d'autres personnes.