La myocardite est généralement déclenchée par une infection bactérienne ou virale. En Europe et aux États-Unis, les infections par des entérovirus tels que les virus Coxsackie B sont en cause dans plus de 50 % des cas. Dans certains cas, une inflammation du muscle cardiaque causée par des virus tels que l'adénovirus, le virus de la grippe ou le virus des oreillons a été détectée après des infections grippales ou une grippe gastro-intestinale.
Les agents pathogènes bactériens comprennent Corynebacterium diphtheriae (diphtérie), Mycobacterium tuberculosis (tuberculose) et les pneumocoques, mais ils entraînent rarement une myocardite chez les patients en bonne santé dont le système immunitaire est normal.
Dans de rares cas, la myocardite peut également être causée par des infections par des champignons, des organismes unicellulaires (comme la toxoplasmose) ou des parasites (échinococcose, trichinose).
En outre, il existe également des inflammations du muscle cardiaque qui ne sont pas déclenchées par des infections, mais par exemple par des radiothérapies, des maladies auto-immunes, des médicaments ou l'abus de drogues (par exemple la cocaïne).
Il est également possible que la péricardite (inflammation du péricarde) se propage au muscle cardiaque, entraînant une myocardite.