O período de incubação após a infecção inicial com herpes genital é entre 2 e 12 dias. Subsequentemente, podem ocorrer sintomas ligeiros como febre, gânglios linfáticos inchados, dor de cabeça e dores musculares, bem como dores ardentes nos órgãos genitais, ânus ou quando urina. Na zona genital, pequenas bolhas de cor clara desenvolvem-se numa zona de pele avermelhada. Estes estão muitas vezes próximos uns dos outros em pequenos grupos (herpetiforme) e cicatrizam após cerca de duas a três semanas. A infecção pode ser completamente livre de sintomas em algumas pessoas.
Se uma infecção com o vírus do herpes simples ocorrer em recém-nascidos (por exemplo, durante o nascimento), isso pode levar a uma condição de risco de vida com febre alta e o desenvolvimento de bolhas em todo o corpo.
Como uma infecção quase sempre leva à persistência do vírus (os patógenos permanecem adormecidos para toda a vida em certos recuos no corpo e não podem ser completamente eliminados pelo sistema imunitário), o vírus pode ser reactivado a qualquer momento e desencadear novamente o herpes genital. Os primeiros sinais disto são formigueiros ou picadas desagradáveis na zona genital. Em poucas horas ou dias, pequenas bolhas podem reaparecer na pele, que em casos graves podem alastrar dos genitais até às coxas e nádegas.
O sexo oral também pode causar os sintomas descritos acima na boca e na garganta. Quando se pratica sexo anal, é possível uma infecção do ânus, que pode levar a descargas sangrentas e dor no ânus.
Além disso, é possível que a reativação dos vírus do herpes simples ocorra sem nenhum sintoma. É importante saber que mesmo durante este período aparentemente sem sintomas, as partículas de vírus são excretadas através das membranas mucosas e podem infectar outras pessoas.