Para garantir uma protecção segura contra o TBE, deve ser vacinado no Inverno como medida preventiva. Desta forma, a protecção vacinal já está activa na Primavera, quando começa a época das carraças. A vacinação é particularmente aconselhável se você vive em uma área de risco TBE ou está planejando uma viagem para lá. Os trabalhadores florestais, agricultores e pessoal de laboratório também devem ser vacinados.
A vacinação comum contra o TBE é uma vacina activa que consiste em três doses (imunização básica). As duas primeiras injecções são administradas com um a três meses de intervalo. A terceira dose é dada nove a doze meses após a segunda. Se um feriado numa área de risco for iminente, duas injecções podem ser suficientes.
Após a imunização básica, o primeiro reforço deve ser dado após três anos. Pessoas com menos de 50 anos têm cinco anos de protecção e as pessoas mais velhas precisam de um reforço ao fim de apenas três anos.
Para prevenir o TBE, também é aconselhável proteger-se de picadas de carraças. Para este fim, roupas justas e de cor clara devem ser usadas quando na floresta ou em prados altos. É também aconselhável evitar a vegetação rasteira. Os repelentes de carrapatos têm apenas um efeito limitado de algumas horas.
Depois de passar tempo na natureza, o vestuário e o corpo devem ser verificados quanto a carrapatos. As áreas preferidas para as crianças são a cabeça peluda e o pescoço. Os carrapatos preferem ficar em partes quentes do corpo, por isso as axilas, virilhas e a parte de trás dos joelhos também devem ser cuidadosamente revistadas. Mesmo que o carrapato seja removido imediatamente após a sua descoberta, isso não protege contra o TBE, pois o vírus está localizado nas glândulas salivares e é transmitido imediatamente após a mordida.