Ausgelöst wird eine Myokarditis zumeist durch eine bakterielle oder virale Infektion. In Europa und den USA kommen dafür in über 50% der Erkrankungen Infektionen mit Enteroviren wie beispielsweise den Coxsackie-B-Viren in Frage. Teilweise ließen sich auch nach grippalen Infekten oder nach Magen-Darm-Grippen Herzmuskelentzündungen, die durch Viren wie Adeno-, Influenza- oder Mumpsviren ausgelöst wurden, nachweisen.
Als bakterielle Erreger treten unter anderem das Corynebakterium diphtheriae (Diphtherie), das Mycobakterium tuberculosis (Tuberkulose) und Pneumokokken auf, die jedoch bei gesunden Patienten mit normalem Immunsystem nur selten zu einer Myokarditis führen.
Selten kann eine Herzmuskelentzündung auch durch Infektionen mit Pilzen, einzelligen Organismen (wie zum Beispiel Toxoplasmose) oder Parasiten (Echinokokkose, Trichinose) ausgelöst werden.
Zusätzlich gibt es auch Herzmuskelentzündungen, die nicht durch Infektionen, sondern zum Beispiel durch Strahlentherapien, Autoimmunerkrankungen, Medikamente oder Drogenabusus (beispielsweise Kokain) ausgelöst werden.
Auch besteht die Möglichkeit, dass eine Perikarditis (Herzbeutelentzündung) auf den Herzmuskel übergreift und so eine Myokarditis entsteht.