El periodo de incubación tras la infección inicial por herpes genital es de entre 2 y 12 días. Posteriormente, pueden aparecer síntomas leves como fiebre, inflamación de los ganglios linfáticos, dolor de cabeza y muscular, así como ardor en los genitales, el ano o al orinar. En la zona genital, se desarrollan pequeñas ampollas de color claro sobre una zona de piel enrojecida. Suelen estar muy juntas en pequeños grupos (herpetiformes) y se curan al cabo de unas dos o tres semanas. La infección puede no presentar ningún síntoma en algunas personas.
Si se produce una infección por el virus del herpes simple en los recién nacidos (por ejemplo, durante el parto), puede producirse una afección potencialmente mortal con fiebre alta y la aparición de ampollas por todo el cuerpo.
Dado que una infección casi siempre conlleva la persistencia del virus (los agentes patógenos permanecen latentes de por vida en determinados refugios del cuerpo y no pueden ser eliminados completamente por el sistema inmunitario), el virus puede reactivarse en cualquier momento y desencadenar un nuevo herpes genital. Los primeros signos son las desagradables sensaciones de hormigueo o picor en la zona genital. En pocas horas o días, pueden reaparecer pequeñas ampollas en la piel, que en casos graves pueden extenderse desde los genitales hasta los muslos y las nalgas.
El sexo oral también puede causar los síntomas descritos anteriormente en la boca y la garganta. Cuando se practica el sexo anal, es posible que se produzca una infección del ano, lo que puede provocar descargas sanguinolentas y dolor en el ano.
Además, es posible que la reactivación de los virus del herpes simple se produzca sin ningún síntoma. Es importante saber que incluso durante este periodo aparentemente asintomático, las partículas del virus se excretan a través de las mucosas y pueden infectar a otras personas.