La causa más común de la inflamación de los riñones es una reacción exagerada del propio sistema inmunitario del organismo; este tipo de inflamación renal se denomina glomerulonefritis IgA. En este caso, el sistema inmunitario forma los llamados anticuerpos de inmunoglobulina A, que se depositan en las células filtrantes de los riñones (glomérulos) y desencadenan allí una inflamación. Como consecuencia, los riñones ven limitada su función de filtro, lo que significa que ya no es posible retener con éxito las proteínas y los eritrocitos (glóbulos rojos) en la sangre. Ahora se excretan continuamente a través de la orina en lugar de permanecer en el cuerpo. Por otro lado, la excreción de metabolitos tóxicos está restringida, por lo que estas sustancias se acumulan.
A diferencia de la pielitis, la inflamación renal no está causada por bacterias y, por tanto, no puede tratarse con antibióticos. Además, la inflamación renal siempre afecta a ambos riñones, mientras que la inflamación de la pelvis renal suele afectar sólo a un riñón.
Se hace una distinción básica entre la inflamación renal primaria y la secundaria. Si sólo están afectados e inflamados los riñones, se trata de una glomerulonefritis primaria. Sin embargo, si la inflamación se debe a otras causas (por ejemplo, si se desencadena por enfermedades autoinmunes como el lupus eritematoso sistémico o por medicamentos), se denomina glomerulonefritis secundaria.