La miocarditis suele estar provocada por una infección bacteriana o vírica. En Europa y Estados Unidos, las infecciones por enterovirus, como el virus Coxsackie B, son la causa de más del 50% de los casos. En algunos casos, se ha detectado una inflamación del músculo cardíaco causada por virus como el adenovirus, el virus de la gripe o el virus de las paperas, después de infecciones de gripe o de gripe gastrointestinal.
Entre los patógenos bacterianos se encuentran el Corynebacterium diphtheriae (difteria), el Mycobacterium tuberculosis (tuberculosis) y los neumococos, pero éstos rara vez provocan miocarditis en pacientes sanos con sistemas inmunitarios normales.
En raras ocasiones, la miocarditis también puede estar causada por infecciones por hongos, organismos unicelulares (como la toxoplasmosis) o parásitos (equinococosis, triquinosis).
Además, también hay inflamaciones del músculo cardíaco que no están desencadenadas por infecciones, sino, por ejemplo, por terapias de radiación, enfermedades autoinmunes, medicamentos o abuso de drogas (por ejemplo, cocaína).
También es posible que la pericarditis (inflamación del pericardio) se extienda al músculo cardíaco, dando lugar a una miocarditis.