Para garantizar una protección segura contra la TBE, debe vacunarse de forma preventiva en invierno. De este modo, la protección de la vacunación ya está activa en primavera, cuando comienza la temporada de garrapatas. La vacunación es especialmente aconsejable si vive en una zona de riesgo de TBE o tiene previsto viajar a ella. Los trabajadores forestales, los agricultores y el personal de laboratorio también deben ser vacunados.
La vacuna común contra la TBE es una vacunación activa que consta de tres dosis (inmunización básica). Las dos primeras inyecciones se administran con un intervalo de uno a tres meses. La tercera dosis se administra entre nueve y doce meses después de la segunda. Si las vacaciones a una zona de riesgo son inminentes, dos inyecciones pueden ser suficientes.
Después de la vacunación básica, la primera dosis de refuerzo debe administrarse a los tres años. Los menores de 50 años tienen cinco años de protección, y los mayores necesitan un refuerzo después de sólo tres años.
Para prevenir la TBE, también es aconsejable protegerse de las picaduras de garrapatas. Para ello, debe usarse ropa ajustada y de color claro cuando se encuentre en el bosque o en praderas altas. También es aconsejable evitar la maleza. Los repelentes de garrapatas sólo tienen un efecto limitado de unas pocas horas.
Después de pasar tiempo en la naturaleza, hay que revisar la ropa y el cuerpo en busca de garrapatas. Las zonas preferidas por los niños son la cabeza peluda y el cuello. Las garrapatas prefieren quedarse en las partes calientes del cuerpo, por lo que también hay que registrar a fondo las axilas, las ingles y la parte posterior de las rodillas. Incluso si la garrapata se retira inmediatamente después de ser descubierta, esto no protege contra la TBE, ya que el virus se encuentra en las glándulas salivales y se transmite inmediatamente después de la picadura.