La cause la plus fréquente de l'inflammation rénale est une réaction excessive du système immunitaire de l'organisme - ce type d'inflammation rénale est appelé glomérulonéphrite à IgA. Dans ce cas, le système immunitaire forme des anticorps appelés immunoglobulines A, qui se déposent dans les cellules filtrantes des reins (glomérules) et y déclenchent une inflammation. En conséquence, les reins sont limités dans leur fonction de filtration, ce qui signifie qu'il n'est plus possible de réussir à retenir les protéines et les érythrocytes (globules rouges) dans le sang. Ces derniers sont désormais excrétés en continu dans l'urine au lieu de rester dans l'organisme. En revanche, l'excrétion des métabolites toxiques est limitée, de sorte que ces substances s'accumulent.
Contrairement à la pyélite, l'inflammation rénale n'est pas causée par des bactéries et ne peut donc pas être traitée par des antibiotiques. En outre, l'inflammation rénale touche toujours les deux reins, alors que l'inflammation rénale pelvienne ne touche souvent qu'un seul rein.
Une distinction fondamentale est faite entre l'inflammation rénale primaire et secondaire. Si seuls les reins sont touchés et enflammés, il s'agit d'une glomérulonéphrite primaire. Si, en revanche, l'inflammation est due à d'autres causes (par exemple, si elle est déclenchée par des maladies auto-immunes comme le lupus érythémateux systémique ou par des médicaments), on parle de glomérulonéphrite secondaire.