Il periodo di incubazione dopo l'infezione iniziale dell'herpes genitale è tra i 2 e i 12 giorni. Successivamente, possono verificarsi sintomi lievi come febbre, linfonodi gonfi, mal di testa e dolori muscolari, nonché dolore bruciante ai genitali, all'ano o durante la minzione. Nella zona genitale, si sviluppano piccole vesciche di colore chiaro su una zona di pelle arrossata. Questi sono spesso vicini in piccoli gruppi (erpetiformi) e guariscono dopo circa due o tre settimane. L'infezione può essere completamente priva di sintomi in alcune persone.
Se un'infezione con i virus dell'herpes simplex si verifica nei neonati (per esempio, durante la nascita), questo può portare a una condizione pericolosa per la vita con febbre alta e lo sviluppo di vesciche in tutto il corpo.
Dato che un'infezione porta quasi sempre alla persistenza del virus (gli agenti patogeni rimangono dormienti per tutta la vita in certi rifugi del corpo e non possono essere eliminati completamente dal sistema immunitario), il virus può essere riattivato in qualsiasi momento e scatenare nuovamente l'herpes genitale. I primi segni di questo sono sgradevoli sensazioni di formicolio o bruciore nella zona genitale. Entro poche ore o giorni, piccole vesciche possono riapparire sulla pelle, che in casi gravi possono diffondersi dai genitali alle cosce e alle natiche.
Il sesso orale può anche causare i sintomi descritti sopra nella bocca e nella gola. Quando si pratica il sesso anale, è possibile un'infezione dell'ano, che può portare a scariche di sangue e dolore all'ano.
Inoltre, è possibile che la riattivazione dei virus dell'herpes simplex avvenga senza sintomi. È importante sapere che anche durante questo periodo apparentemente senza sintomi, le particelle del virus vengono espulse attraverso le membrane mucose e possono infettare altre persone.