La miocardite è solitamente scatenata da un'infezione batterica o virale. In Europa e negli Stati Uniti, le infezioni da enterovirus come il virus Coxsackie B sono la causa in più del 50% dei casi. In alcuni casi, l'infiammazione del muscolo cardiaco causata da virus come l'adenovirus, il virus dell'influenza o il virus della parotite è stato rilevato dopo infezioni influenzali o influenza gastrointestinale.
Gli agenti patogeni batterici includono Corynebacterium diphtheriae (difterite), Mycobacterium tuberculosis (tubercolosi) e pneumococchi, ma questi raramente portano alla miocardite in pazienti sani con un sistema immunitario normale.
Raramente, la miocardite può anche essere causata da infezioni con funghi, organismi unicellulari (come la toxoplasmosi) o parassiti (echinococcosi, trichinosi).
Inoltre, ci sono anche infiammazioni del muscolo cardiaco che non sono scatenate da infezioni, ma per esempio da radioterapie, malattie autoimmuni, farmaci o abuso di droghe (per esempio la cocaina).
È anche possibile che la pericardite (infiammazione del pericardio) si diffonda al muscolo cardiaco, provocando una miocardite.