Stade 1 : infection locale
Après la transmission de l'agent pathogène et une période d'incubation généralement comprise entre 5 et 29 jours, une infection locale de la peau peut (mais ne doit pas) se produire. L'érythème migrant est un signe caractéristique d'une infection par Borrelia, mais il existe également des infections qui ne présentent pas de symptômes cutanés. L'érythème annulaire, d'une largeur d'environ 5 cm, s'étend autour du point de morsure et disparaît progressivement de lui-même. Une disparition ne constitue toutefois pas une preuve de guérison, car l'agent pathogène peut déjà s'être propagé.
L'érythème migrant peut être accompagné de symptômes généraux non spécifiques, tels qu'une sensation diffuse de maladie avec des états de fatigue et d'épuisement (également possible avec des symptômes gastro-intestinaux). En outre, la "grippe de Lyme" peut également se manifester par de la fièvre, des sueurs, des maux de tête et des douleurs articulaires, mais sans toux ni rhume.
Stade 2 : dissémination des bactéries
Si l'agent pathogène du stade 1 n'est pas éliminé par le système immunitaire ou par un traitement aux antibiotiques, il peut se propager dans tout le corps et entraîner une réapparition des symptômes de la maladie après une période de latence d'environ 4 à 16 semaines. Les symptômes plutôt diffus, semblables à ceux de la grippe, rendent difficile un diagnostic clair.
L'agent pathogène qui s'est propagé peut se fixer dans tous les organes, les articulations et les muscles, ainsi que dans le système nerveux. Il s'ensuit des troubles graves et variés : il peut par exemple y avoir une paralysie d'un muscle du visage (parésie faciale), des douleurs articulaires et musculaires migratoires, et des douleurs brûlantes au point d'injection. Dans de rares cas, le cerveau et le système nerveux périphérique sont également touchés (neuro-borréliose). A ce stade, l'agent pathogène n'est pas bien reconnu par le système immunitaire de l'organisme et ne peut être que difficilement éliminé, même avec des antibiotiques, car il s'est déjà fixé dans le tissu conjonctif.
Stade 3 : infection chronique
Si l'infection à Borrelia n'est pas traitée à temps, les symptômes peuvent réapparaître ou s'aggraver de plus en plus, même après des mois ou des années sans symptômes. Les séquelles typiques sont l'arthrite de Lyme avec des gonflements et des douleurs au niveau des genoux, des coudes, des chevilles, des poignets, des orteils et des articulations de la mâchoire.
En outre, des modifications de la peau ou une neuroborréliose avec des douleurs nerveuses, des méningites, des troubles des organes sensoriels ainsi que des problèmes cardiaques, des inflammations vasculaires et des états d'épuisement persistent.