Etapa 1: Infección local
Tras la transmisión del patógeno y un periodo de incubación que suele ser de 5 a 29 días, puede producirse una infección local de la piel (aunque no necesariamente). El enrojecimiento migratorio (eritema migrans) es un signo característico de una infección por Borrelia, pero también hay infecciones que no muestran ningún síntoma cutáneo. El enrojecimiento de la piel en forma de anillo de unos 5 cm de ancho se extiende alrededor del lugar de la picadura y desaparece gradualmente por sí solo. Sin embargo, una disminución no es prueba de curación porque el agente patógeno puede haberse extendido ya.
El enrojecimiento errante puede ir acompañado de síntomas generales inespecíficos, como una sensación difusa de enfermedad con fatiga y agotamiento (también posible con síntomas gastrointestinales). Además, la llamada "gripe de la enfermedad de Lyme" también puede cursar con fiebre, sudoración, dolor de cabeza y dolor articular, pero sin tos ni resfriado.
Etapa 2: Propagación de la bacteria
Si el patógeno de la fase 1 no es eliminado por el sistema inmunitario o mediante terapia con antibióticos, puede propagarse por todo el organismo y, tras un periodo de latencia de entre 4 y 16 semanas, provocar la reaparición de los síntomas de la enfermedad. Los síntomas, más bien difusos y parecidos a los de la gripe, dificultan un diagnóstico claro.
El patógeno que se propaga puede instalarse en todos los órganos, articulaciones y músculos, así como en el sistema nervioso. Esto provoca diversos síntomas graves: por ejemplo, parálisis de un músculo facial (paresia facial), dolor articular y muscular errante y ardor en el lugar de la inyección. En raras ocasiones, el cerebro y el sistema nervioso periférico también se ven afectados (neuroborreliosis). En esta fase, el patógeno no es fácilmente reconocido por el propio sistema inmunitario del organismo y sólo puede erradicarse con dificultad, incluso con antibióticos, porque ya se ha asentado en el tejido conjuntivo.
Etapa 3: Infección crónica
Si la infección por Borrelia no se trata a tiempo, los síntomas pueden reaparecer o empeorar progresivamente incluso después de meses o años sin síntomas. Los efectos tardíos típicos son la artritis de Lyme con hinchazón y dolor en las articulaciones de la rodilla, el codo, el tobillo, la muñeca, el dedo del pie y la mandíbula.
Además, también aparecen alteraciones cutáneas o neuroborreliosis con dolor nervioso, meningitis, trastornos de los órganos sensoriales, así como problemas cardíacos, inflamación vascular y agotamiento.