A Ciclofosfamida é usada dentro de uma combinação de regime de quimioterapia ou como monoterapia em
Leucemias:
Linfocítica aguda e crónica
Linfomas:
Doença de Hodgkin e linfomas não-Hodgkin
Mieloma Múltiplo e Plasmocitoma
Tumores sólidos malignos com e sem metástases:
Cancro da mama, pulmão (em particular de células pequenas), carcinoma do ovário, neuroblastoma, seminoma e sarcoma de Ewing.
“Doenças autoimunes” progressivas:
Por exemplo artrite reumatoide, artropatia psoriática, lúpus eritematoso sistémico, esclerodermia, vasculites sistémicas, certos tipos de glomerulonefrite (por exemplo com síndrome nefrótica), miastenia gravis, anemia hemolítica autoimune.
Tratamento imunossupressivo em transplante de órgãos:
Regimes imunossupressores de condicionamento em transplantação hematopoiética autóloga e/ou alogénica de leucemias agudas, mielóide crónica e transplantação alogénica de anemias aplásticas graves.