Stadium 1: Lokale Infektion
Nach der Übertragung des Erregers und einer Inkubationszeit von meist 5 bis 29 Tagen kann es (muss aber nicht) zu einer lokalen Infektion der Haut kommen. Die Wanderröte (Erythema migrans) ist ein charakteristisches Zeichen einer Borrelien-Infektion, es gibt aber auch Infektionen, die keine Hautsymptome zeigen. Die ungefähr 5 cm breite, ringförmige Hautrötung breitet sich um die Einbissstelle aus und verschwindet allmählich von allein. Ein Rückgang ist jedoch kein Beleg für eine Heilung, weil der Erreger bereits gestreut haben kann.
Begleitet werden kann die Wanderröte von unspezifischen Allgemeinsymptomen, wie einem diffusen Krankheitsgefühl mit Müdigkeits- und Erschöpfungszuständen (auch mit Gastrointestinalsymptomem möglich). Weiters kann auch die sogenannte „Borreliose Grippe“ mit Fieber, Schweißausbrüchen, Kopf- und Gelenksschmerzen autfreten, allerdings ohne Husten und Schnupfen.
Stadium 2: Streuung der Bakterien
Wenn der Erreger im Stadium 1 nicht vom Immunsystem oder durch eine Therapie mit Antibiotika eliminiert wird, kann er sich im ganzen Körper ausbreiten und nach einer Latenzzeit von ca. 4 bis 16 Wochen zu einem erneutem Auftreten der Krankheitssymptome führen. Die eher diffusen, grippeähnlichen Symptome erschweren eine eindeutige Diagnose.
Der ausgebreitete Erreger kann sich in allen Organen, Gelenken und Muskeln, sowie im Nervensystem festsetzen. Daraus folgen vielfältige, ernste Beschwerden: es kann beispielsweise zur Lähmung eines Gesichtsmuskels (Facialisparese), zu wandernden Gelenks- und Muskelschmerzen, und zu brennenden Schmerzen an der Einstichstelle kommen. Selten ist auch das Gehirn und das periphere Nervensystem betroffen (Neuro-Borreliose).
Der Erreger ist in diesem Stadium vom körpereigenen Immunsystem nicht gut zu erkennen und kann auch mit Antibiotika nur schlecht eradiert werden, da er sich bereits im Bindegewebe festgesetzt hat.
Stadium 3: Chronische Infektion
Wenn die Borrelien-Infektion nicht rechtzeitig behandelt wird, können auch nach monate- bis jahrelangen beschwerdefreien Zeiten Symptome wieder aufkommen oder sich zunehmend verschlechtern. Typische Spätfolgen sind Lyme-Arthritis mit Schwellungen und Schmerzen im Bereich der Knie, Ellenbogen, Sprung-, Handwurzel-, Zehen- und Kiefergelenke.
Des Weiteren persistieren auch Hautveränderungen oder Neuroborreliose mit Nervenschmerzen, Gehirnhautentzündungen, Störungen der Sinnesorgane, sowie Herzprobleme, Gefäßentzündungen, und Erschöpfungszustände.